Macierz struktury (ang. structure matrix) – to pojęcie związane z eksploracyjną analizą czynnikową – metodą służącą do badania zależności między zmiennymi obserwowalnymi a czynnikami latentnymi.

Macierz struktury jest szczególnie istotna w przypadku zastosowania rotacji nieortogonalnej, ponieważ przy takiej rotacji czynniki mogą być ze sobą skorelowane.  Wartości w macierzy struktury obejmują zarówno bezpośredni związek zmiennej z danym czynnikiem, jak i część wynikającą z korelacji tego czynnika z pozostałymi czynnikami.  Z tego względu macierz struktury należy odróżnić od macierzy modelowej (ang. pattern matrix). Macierz modelowa zawiera ładunki czynnikowe odzwierciedlające specyficzny związek zmiennej z danym czynnikiem po uwzględnieniu korelacji między czynnikami. Macierz struktury pokazuje natomiast całkowitą korelację zmiennej z czynnikiem.

Przy rotacji nieortogonalnej macierz modelowa i macierz struktury mogą zawierać różne wartości, natomiast przy rotacji ortogonalnej są one zasadniczo takie same. W praktyce interpretacja struktury czynnikowej opiera się zwykle przede wszystkim na macierzy modelowej, ponieważ lepiej pokazuje ona unikalne przypisanie zmiennych do poszczególnych czynników. Macierz struktury stanowi jednak ważne uzupełnienie, zwłaszcza gdy czynniki są ze sobą silnie skorelowane. Najpełniejszą interpretację rozwiązania czynnikowego uzyskuje się poprzez łączną analizę macierzy modelowej, macierzy struktury oraz macierzy korelacji między czynnikami.