Efekt główny – w wieloczynnikowej analizie wariancji, odnosi się do różnic między średnimi zmiennej zależnej, w zależności tylko od jednej zmiennej niezależnej.
Przykładowo, wykonując dwuczynnikową analizę wariancji 2 x 2 (płeć x miejsce zamieszkania), mam do czynienia z dwoma efektami głównymi – efektem głównym płci i miejsca zamieszkania. W efekcie głównym płci, mierzymy różnice między kobietami i mężczyznami, niezależnie od ich miejsca zamieszkania. W efekcie głównym miejsca zamieszkania, mierzymy różnice między np. osobami ze wsi i z miasta, niezależnie od płci.
Wyniki efektów głównych są interpretowane podobnie jak w przypadku jednoczynnikowej analizy wariancji.
Wyniki analizy uwzględniającej wszystkie (w tym przypadku dwie) zmienne niezależne jednocześnie uwzględnianie są w efektach interakcji.